а также микросателлитной нестабильности
амплификаций генов
выявлением генетических вариантов в генах
набор реагентов для целевого обогащения и приготовления библиотек ДНК с последующим одновременным:
Соло-тест Атлас Плюс
Совместим с Illumina
Тест-система способна выполнять исследования, которые могут проведены методами полимеразной цепной реакции (ПЦР), фрагментного анализа, флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), хромогенной гибридизации in situ (CISH), иммуногистохимического анализа (ИГХ).
Приведённые изображения могут отличаться от приборов, используемых в вашей лаборатории
Приведённые изображения могут отличаться от приборов, используемых в вашей лаборатории
*
было
стало
вместо
Соло-тест Атлас Плюс объединяет анализ мутаций, амплификаций и микросателлитной нестабильности в одной тест-системе на платформе NGS, определяя одновременно молекулярные альтерации, для которых ранее вы могли использовать до четырёх различных методов*
Будущее уже здесь
* Тест-система способна выполнять исследования, которые могут проведены методами полимеразной цепной реакции (ПЦР), фрагментного анализа, флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), хромогенной гибридизации in situ (CISH), иммуногистохимического анализа (ИГХ).
Приведённые изображения могут отличаться от приборов, используемых в вашей лаборатории
Приведённые изображения могут отличаться от приборов, используемых в вашей лаборатории
при мутациях/слияниях в генах семейства FGFR может быть назначен препарат эрдафитиниб
**
Генетические маркеры в составе панели, включенные в клинические рекомендации МЗ РФ
Нозология
Широчайший спектр маркеров для различных нозологий
Возможно объединение с библиотеками, полученными с помощью других наборов Соло-тест
Тест-система эффективна при работе как с опухолевой тканью, так и с образцами цоДНК («жидкостная биопсия»)
Автоматизированная обработка данных с помощью ПО Solo AVES
Одновременное определение амплификаций, мутаций и микросателлитной нестабильности
Единое решение для многих задач
до 18 образцов с покрытием не менее 1500х для сцДНК, выделенной из плазмы крови
1500х
до 48 образцов с покрытием не менее 650х для ДНК, выделенной из FFPE-блоков
650x
Набор предназначен для совместного использования с Генетическим секвенатором MiSeq (Illumina, Inc) с набором реагентов MiSeq Reagent kit v2 300 cycles.
Параметры секвенирования
Секвенирование готовой библиотеки
Очистка продуктов амплификации, пулирование библиотек
Вторичная амплификация с Олигонуклеотидными индексами
Лигирование ЛС адаптеров
удаление праймеров, подготовка к лигированию
Обработка Активатором
Первичная амплификация с двумя пулами праймеров
ДНК
Принцип действия метода
при наличии доступа к сети интернет
***
Возможность скорректировать результаты интерпретации из интерфейса и переделать отчет на основании ручной интерпретации
Гибкая настройка параметров отчета
Интегрированная система уровней доказательности ESCAT для предиктивных маркеров
Интерпретация фармакогенетических маркеров в соответствии с инструкциями к препаратам (включая FDA, EMA и ГРЛС), PharmGKB, рекомендациями Минздрава РФ
Интерпретация предиктивных маркеров в соответствии с рекомендациями Минздрава РФ, рекомендациями RUSSCO, ESMO, NCCN, ASCO, информации из ГРЛС
Интерпретация наследственных патогенных вариантов в соответствии с ACMG
Полностью автоматизированная интерпретация: от задетектированных вариантов до готового отчета с учётом набора реагентов, заболевания, типа биологического материала.
Solo AVES позволяет обрабатывать «сырые» данные, получая готовый отчет о клинически значимых находках***
Solo AVES: решение для обработки данных
Полностью автоматизированная интерпретация: от задетектированных вариантов до готового отчета с учётом набора реагентов, заболевания, типа биологического материала.
Интерпретация наследственных патогенных вариантов в соответствии с ACMG
Интерпретация предиктивных маркеров в соответствии с рекомендациями Минздрава РФ, рекомендациями RUSSCO, ESMO, NCCN, ASCO, информации из ГРЛС
Интерпретация фармакогенетических маркеров в соответствии с инструкциями к препаратам (включая FDA, EMA и ГРЛС), PharmGKB, рекомендациями Минздрава РФ
Интегрированная система уровней доказательности ESCAT для предиктивных маркеров
Гибкая настройка параметров отчета
Возможность скорректировать результаты интерпретации из интерфейса и переделать отчет на основании ручной интерпретации
при наличии доступа к сети интернет
***
+
Комплекты для секвенирования
Комплекты для секвенирования включают в себя:
- Комплект для подготовки образца к секвенированию,
- Комплект для секвенирования (MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles), Illumina, Inc.)
Количество тест-единиц
Каталожный номер
Вариант исполнения
Сет индексов
Количество тест-единиц
Каталожный номер
Вариант исполнения
Сет индексов
Количество тест-единиц
Каталожный номер
Вариант исполнения
*
*
«А»
48
ATLASplus-48i-a
Соло-тест Атлас Плюс А
«Б»
48
ATLASplus-48Ci-b
Соло-тест Атлас Плюс С-Б
+
Комплекты для секвенирования
Комплекты для секвенирования включают в себя:
- Комплект для подготовки образца к секвенированию,
- Комплект для секвенирования (MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles), Illumina, Inc.)
«А»
48
ATLASplus-48Ci-a
Соло-тест Атлас Плюс C-А
Сет индексов
Количество тест-единиц
Каталожный номер
Вариант исполнения
Информация для заказа
«Б»
48
ATLASplus-48i-b
Соло-тест Атлас Плюс Б
Количество тест-единиц
MiSeq, MiSeq Dx — зарегистрированный товарный знак Illumina, Inc. Для проведения исследований может быть использовано необходимое оборудование, отличное от изображённого, в соответствии с регуляторными требованиями и требованиями Руководства пользователя.
ПЦР-бокс
Центрифуга мини-вортекс
Дозаторы пипеточные
Флуориметр для измерения
концентрации ДНК
Термоциклер
Генетический секвенатор MiSeq
Необходимое оборудование
FAQ
Минимальное количество ДНК, выделенной из FFPE-блоков, необходимое для работы с набором, — 12 нг (6 мкл ДНК с концентрацией 2 нг/мкл). Минимальное количество сцДНК — 6 нг (6 мкл ДНК с концентрацией 1 нг/мкл).
В набор включены все реагенты для приготовления библиотек из выделенной ДНК. Дополнительно потребуются такие общелабораторные расходники, как пластик, вода деионизованная бидистиллированная и этиловый спирт. В лаборатории должны быть: ПЦР-бокс, дозаторы пипеточные, термоциклер, магнитный штатив, вортекс, центрифуга, флуориметр с совместимыми наборами. Для проведения секвенирования необходим секвенатор MiSeq.
Набор можно использовать для анализа ДНК, выделенной из плазмы крови или парафиновых блоков (FFPE).
- Для плазмы: кровь должна быть собрана в специализированные пробирки для венозной крови с целью анализа внеклеточной ДНК
- Фиксированные образцы ткани должны обрабатываться нейтральным забуференным формалином. Не допускать избыточной фиксации — это может вызвать деградацию ДНК и появление артефактов последовательности!
- Для анализа соматических мутаций важно, чтобы содержание опухолевых клеток было не менее 20%.
В одном цикле секвенирования можно исследовать (включая контроли):
- до 48 образцов с покрытием не менее 650х для ДНК, выделенной из FFPE-блоков,
- до 18 образцов с покрытием не менее 1500х для сцДНК, выделенной из плазмы крови.
Да. При заказе первого набора наши специалисты проведут обучение по работе с протоколом пробоподготовки в вашей лаборатории. Кроме того, вы всегда можете обратиться к нам с любыми вопросами по работе набора (solo-test@oncoatlas.ru).
Обработку данных можно осуществлять с помощью ПО Solo AVES, входящего в состав набора.
Да, если комбинации индексов не дублируются.
Получить консультацию
Заполните поля и мы свяжемся с вами
Отправляя форму, вы соглашаетесь с Политикой конфиденциальности
Рак лёгкого
Рекомендуется проведение исследования мутаций в гене EGFR (как частых, так и менее распространённых), гене BRAF V600E; транслокации генов ALK и ROS1; определение амплификаций гена MET, мутаций пропуска 14-го экзона гена MET, мутаций гена ERBB2.
Меланома кожи
Рекомендуется молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах BRAF, NRAS и KIT.
Рак прямой кишки
Рекомендуется выполнять молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах KRAS, NRAS, BRAF, микросателлитной нестабильности.
При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах: DPYD (аналоги пиримидина), UGT1A1 (иринотекан).
При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах: DPYD (аналоги пиримидина), UGT1A1 (иринотекан).
Рак ободочной кишки
Рекомендуется выполнять молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах KRAS, NRAS, BRAF, микросателлитной нестабильности.
При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах: DPYD (аналоги пиримидина), UGT1A1 (иринотекан).
При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах: DPYD (аналоги пиримидина), UGT1A1 (иринотекан).
Билиарный рак
Рекомендуется молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах KRAS, BRAF, микросателлитной нестабильности в операционном материале.
Уротелиальный рак
Взрослым пациентам с раком мочевого пузыря и мочевыводящих путей, в опухолевой ткани которых имеются определенные поломки (мутации и/или слияния) генов рецепторов фактора роста клеток фибробластов (FGFR), может быть показан препарат эрдафитиниб.
Рак желудка
Рекомендуется определение амплификации гена HER2 и микросателлитной нестабильности.
Опухоли невыявленной первичной локализации
При аденокарциноме рекомендованы молекулярно-генетические исследования мутаций в генах EGFR, KRAS, NRAS, BRAF, TP53, определение полиморфизма гена DPYD, определение микросателлитной нестабильности.
Плазма крови («жидкостная биопсия»)
Для выделения ДНК из плазмы крови пациента следует соблюдать следующие правила: взятие крови, обычно 8 мл, проводится в специализированные пробирки, предназначенные для сбора, транспортировки и хранения образца венозной крови с целью анализа внеклеточной ДНК. Для перемешивания содержимого с антикоагулянтом и стабилизатором пробирку следует аккуратно перевернуть 8−10 раза. Пробирку с кровью следует хранить согласно инструкции производителя в темном месте при комнатной температуре.
Центрифугирование пробирки крови и отбор плазмы выполняется в лаборатории непосредственно перед выделением ДНК. На первом этапе центрифугирование проводят в пробирках с образцами крови в течение 15 минут на скорости 1900g при 4 °C. Не задевая осадка супернатант аккуратно переносят в чистые пробирки, затем еще раз центрифугируют 10 минут на 16000g при 4 °C. Супернатант переносят в чистые пробирки. Далее следует переходить к выделению ДНК или заморозить и хранить супернатант при -20°C или -80°C до момента выделения.
Центрифугирование пробирки крови и отбор плазмы выполняется в лаборатории непосредственно перед выделением ДНК. На первом этапе центрифугирование проводят в пробирках с образцами крови в течение 15 минут на скорости 1900g при 4 °C. Не задевая осадка супернатант аккуратно переносят в чистые пробирки, затем еще раз центрифугируют 10 минут на 16000g при 4 °C. Супернатант переносят в чистые пробирки. Далее следует переходить к выделению ДНК или заморозить и хранить супернатант при -20°C или -80°C до момента выделения.
Опухолевая ткань, фиксированная в формалине и заключённая в парафиновые блоки (FFPE)
Для парафиновых блоков (FFPE) необходимо соблюдать следующие требования: предварительно провести их морфологический анализ. Рекомендовано использовать образцы, в которых ткань опухоли занимает не менее 80% площади препарата, допустимое минимальное количество опухоли — не менее 20% площади препарата. В случае невыполнения данного условия рекомендуется подготовить гистологический препарат биоматериала и по результатам гистологического исследования провести разметку препарата с обратной стороны предметного стекла, отметив границы зоны опухоли.
В дальнейшем для выделения ДНК необходимо использовать отмеченную область препарата, содержащую опухолевую ткань. Для проведения исследования рекомендуется использовать фрагмент парафинового блока, соответствующий следующим параметрам: толщина каждого среза от 5 до 6 мкм; суммарная площадь фрагментов фиксированной ткани и комплексов клеток человека от 2 см². Хранить и транспортировать материал в парафиновых блоках (FFPE) необходимо при температуре от +5 до +40 °C с соблюдением мер, предотвращающих контаминацию образцов чужеродной ДНК.
В дальнейшем для выделения ДНК необходимо использовать отмеченную область препарата, содержащую опухолевую ткань. Для проведения исследования рекомендуется использовать фрагмент парафинового блока, соответствующий следующим параметрам: толщина каждого среза от 5 до 6 мкм; суммарная площадь фрагментов фиксированной ткани и комплексов клеток человека от 2 см². Хранить и транспортировать материал в парафиновых блоках (FFPE) необходимо при температуре от +5 до +40 °C с соблюдением мер, предотвращающих контаминацию образцов чужеродной ДНК.