набор реагентов для целевого обогащения и приготовления библиотек ДНК с последующим одновременным выявлением генетических вариантов в генах
HELICON® Атлас Плюс
Совместим с MGI
Генетические маркеры в составе панели, включенные в клинические рекомендации МЗ РФ
Нозология
Широкий спектр маркеров для наиболее полного обследования пациента:
5
Возможно объединять с библиотеками, полученными с помощью набора HELICON® АВС Плюс
4
Тест-система эффективна при работе как с опухолевой тканью, так и с образцами цоДНК («жидкостная биопсия»)
3
Автоматизированная обработка данных с помощью ПО Solo AVES
2
Уникальное решение по определению MSI методом NGS
1
Единая панель для диагностики
соматических мутаций и MSI
Минимальное рекомендуемое покрытие для всех типов биоматериала
5000x
Набор предназначен для совместного использования с секвенатором генетическим HELICON® G50/G400 (Wuhan MGI Tech Co., Ltd). Минимальное рекомендуемое покрытие для всех типов биоматериала
Параметры секвенирования
Набор реагентов MGI G400 для высокопроизводительного секвенирования, в вариантах исполнения:
Набор реагентов MGI G50 для высокопроизводительного секвенирования, в вариантах исполнения:
В зависимости от количества и типов образцов, модели секвенатора могут быть использованы
Секвенирование готовой библиотеки
Вторичная амплификация и очистка библиотек
Лигирование адаптеров
удаление праймеров, подготовка к лигированию
Обработка Активатором
Первичная амплификация с двумя пулами праймеров
ДНК
Принцип действия метода
Баркод
Циркуляризация
Создание наношариков ДНК
* при наличии доступа к сети интернет
Гибкая настройка параметров отчета
Возможность скорректировать результаты интерпретации из интерфейса и переделать на основании ручной интерпретации отчет
Интегрированная система уровней доказательности ESCAT для предиктивных маркеров
Интерпретация фармакогенетических маркеров в соответствии с инструкциями к препаратам (включая FDA, EMA и ГРЛС), PharmGKB, рекомендациями Минздрава РФ
Интерпретация предиктивных маркеров в соответствии с рекомендациями Минздрава РФ, рекомендациями RUSSCO, ESMO, NCCN, ASCO, информации из ГРЛС
Интерпретация наследственных патогенных вариантов в соответствии с ACMG
Полностью автоматизированная интерпретация — от задетектированных вариантов до готового отчета, с учетом набора реагентов, заболевания, типа биологического материала.
Solo AVES позволяет обрабатывать «сырые» данные, получая готовый отчёт о клинически значимых находках*
Solo AVES: решение для обработки данных
Полностью автоматизированная интерпретация — от задетектированных вариантов до готового отчета, с учетом набора реагентов, заболевания, типа биологического материала.
Интерпретация наследственных патогенных вариантов в соответствии с ACMG
Интерпретация предиктивных маркеров в соответствии с рекомендациями Минздрава РФ, рекомендациями RUSSCO, ESMO, NCCN, ASCO, информации из ГРЛС
Интерпретация фармакогенетических маркеров в соответствии с инструкциями к препаратам (включая FDA, EMA и ГРЛС), PharmGKB, рекомендациями Минздрава РФ
Интегрированная система уровней доказательности ESCAT для предиктивных маркеров
Возможность скорректировать результаты интерпретации из интерфейса и переделать на основании ручной интерпретации отчет
Гибкая настройка параметров отчета
при наличии доступа к сети интернет
*
Информация для заказа
«Б»
48
HELICON® Атлас Плюс Солид Б
«А»
48
HELICON® Атлас Плюс Солид А
*
«Б»
48
HELICON® Атлас Плюс ЖКТ С-Б
*
«А»
48
BRAF, EGFR, DPYD, UGT1A1, ERBB2, IDH1,
IDH2, KIT, KRAS, NRAS, HRAS, MET,
ALK, TP53, PDGFRA, PIK3CA, MSI
IDH2, KIT, KRAS, NRAS, HRAS, MET,
ALK, TP53, PDGFRA, PIK3CA, MSI
HELICON® Атлас Плюс Солид С-А
«Б»
48
Уротелиальный и билиарный рак Б
HELICON® Атлас Плюс
«А»
48
Уротелиальный и билиарный рак А
HELICON® Атлас Плюс
*
«Б»
48
Уротелиальный и билиарный рак С-Б
HELICON® Атлас Плюс
*
«А»
48
BRAF, ERBB2, ALK, KRAS
Уротелиальный и билиарный рак С-А
HELICON® Атлас Плюс
«Б»
48
HELICON® Атлас Плюс ЖКТ Б
«А»
48
HELICON® Атлас Плюс ЖКТ А
*
«Б»
48
HELICON® Атлас Плюс ЖКТ С-Б
*
«А»
48
BRAF, KRAS, NRAS, ERBB2, DPYD, UGT1A1, MSI
HELICON® Атлас Плюс ЖКТ С-А
«Б»
48
HELICON® Атлас Плюс Меланома Б
«А»
48
HELICON® Атлас Плюс Меланома А
*
«Б»
48
HELICON® Атлас Плюс Меланома С-Б
*
«А»
48
BRAF, NRAS,
KIT
KIT
HELICON® Атлас Плюс Меланома С-А
«Б»
48
HELICON® Атлас Плюс Легкое Б
«А»
48
HELICON® Атлас Плюс Легкое А
*
«Б»
48
HELICON® Атлас Плюс Легкое С-Б
*
«А»
48
EGFR, BRAF, ERBB2, MET
HELICON® Атлас Плюс Легкое С-А
Комплект для циркуля-ризации библиотек
Сет
индексов
Количество
тест-единиц
Доступные
маркеры
Вариант
исполнения
Секвенатор генетический HELICON — товарный знак ООО «Компания ХЕЛИКОН». Для проведения исследований может быть использовано необходимое оборудование, отличное от изображённого, в соответствии с регуляторными требованиями и требованиями Руководства пользователя.
ПЦР-бокс
Центрифуга мини-вортекс
Дозаторы пипеточные
от 1 нг/мкл
Флуориметр для измерения
концентрации ДНК
Термоциклер
Секвенатор генетический HELICON
Необходимое оборудование
FAQ
Минимальное количество ДНК, выделенной из FFPE-блоков, необходимое для работы с набором, — 12 нг (6 мкл ДНК с концентрацией 2 нг/мкл). Минимальное количество сцДНК — 6 нг (6 мкл ДНК с концентрацией 1 нг/мкл).
Для подготовки библиотек к секвенированию ДНК и проведению секвенирования библиотек на секвенаторе HELICON® G50/G400 понадобятся соответствующие комплекты из состава наборов «Набор реагентов MGI G50 для высокопроизводительного секвенирования, в вариантах исполнения» или «Набор реагентов MGI G400 для высокопроизводительного секвенирования, в вариантах исполнения».
Также потребуются такие общелабораторные расходники, как пластик, вода деионизованная бидистиллированная и этиловый спирт. В лаборатории должны быть: ПЦР-бокс, дозаторы пипеточные, термоциклер, магнитный штатив, вортекс, центрифуга, флуориметр с совместимыми наборами, секвенатор HELICON® G50/G400.
Также потребуются такие общелабораторные расходники, как пластик, вода деионизованная бидистиллированная и этиловый спирт. В лаборатории должны быть: ПЦР-бокс, дозаторы пипеточные, термоциклер, магнитный штатив, вортекс, центрифуга, флуориметр с совместимыми наборами, секвенатор HELICON® G50/G400.
Набор можно использовать для анализа ДНК, выделенной из плазмы крови или парафиновых блоков (FFPE).
- Для плазмы: кровь должна быть собрана в специализированные пробирки для венозной крови с целью анализа внеклеточной ДНК
- Фиксированные образцы ткани должны обрабатываться нейтральным забуференным формалином. Не допускать избыточной фиксации — это может вызвать деградацию ДНК и появление артефактов последовательности!
- Для анализа соматических мутаций важно, чтобы содержание опухолевых клеток было не менее 20%.
Рекомендованная глубина покрытия составляет не менее 5000х при анализе ДНК, выделенной плазмы крови и FFPE-блоков.
В одном цикле секвенирования может быть объединено до 96 уникальных образцов, включая контроли.
В одном цикле секвенирования может быть объединено до 96 уникальных образцов, включая контроли.
Да. При заказе первого набора наши специалисты проведут обучение по работе с протоколом пробоподготовки в вашей лаборатории. Кроме того, вы всегда можете обратиться к нам с любыми вопросами по работе набора solo-test@oncoatlas.ru.
Обработку данных можно осуществлять с помощью ПО Solo AVES, входящего в состав набора.
Да, если комбинации индексов не дублируются.
Получить консультацию
Заполните поля и мы свяжемся с вами
Отправляя форму, вы соглашаетесь с Политикой конфиденциальности
Рак лёгкого
Рекомендуется проведение исследования мутаций в гене EGFR (как частых, так и менее распространённых), гене BRAF V600E; транслокации генов ALK и ROS1; определение амплификаций гена MET, мутаций пропуска 14-го экзона гена MET, мутаций гена ERBB2.
Меланома кожи и слизистых оболочек
Рекомендуется молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах BRAF, NRAS и KIT.
Рак прямой кишки
Рекомендуется выполнять молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах KRAS, NRAS, BRAF, микросателлитной нестабильности.
При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах: DPYD (аналоги пиримидина), UGT1A1 (иринотекан).
При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах: DPYD (аналоги пиримидина), UGT1A1 (иринотекан).
Рак ободочной кишки
Рекомендуется выполнять молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах KRAS, NRAS, BRAF, микросателлитной нестабильности.
При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах: DPYD (аналоги пиримидина), UGT1A1 (иринотекан).
При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах: DPYD (аналоги пиримидина), UGT1A1 (иринотекан).
Уротелиальный рак
Рекомендуется молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах KRAS, BRAF, микросателлитной нестабильности в операционном материале.
Опухоли невыявленной первичной локализации
При аденокарциноме рекомендованы молекулярно-генетические исследования мутаций в генах EGFR, KRAS, NRAS, BRAF, TP53, определение полиморфизма гена DPYD, определение микросателлитной нестабильности.
Плазма крови («жидкостная биопсия»)
Для выделения ДНК из плазмы крови пациента следует соблюдать следующие правила: взятие крови, обычно 8 мл, проводится в специализированные пробирки, предназначенные для сбора, транспортировки и хранения образца венозной крови с целью анализа внеклеточной ДНК. Для перемешивания содержимого с антикоагулянтом и стабилизатором пробирку следует аккуратно перевернуть 8−10 раза. Пробирку с кровью следует хранить согласно инструкции производителя в темном месте при комнатной температуре.
Центрифугирование пробирки крови и отбор плазмы выполняется в лаборатории непосредственно перед выделением ДНК. На первом этапе центрифугирование проводят в пробирках с образцами крови в течение 15 минут на скорости 1900g при 4 °C. Не задевая осадка супернатант аккуратно переносят в чистые пробирки, затем еще раз центрифугируют 10 минут на 16000g при 4 °C. Супернатант переносят в чистые пробирки. Далее следует переходить к выделению ДНК или заморозить и хранить супернатант при -20°C или -80°C до момента выделения.
Центрифугирование пробирки крови и отбор плазмы выполняется в лаборатории непосредственно перед выделением ДНК. На первом этапе центрифугирование проводят в пробирках с образцами крови в течение 15 минут на скорости 1900g при 4 °C. Не задевая осадка супернатант аккуратно переносят в чистые пробирки, затем еще раз центрифугируют 10 минут на 16000g при 4 °C. Супернатант переносят в чистые пробирки. Далее следует переходить к выделению ДНК или заморозить и хранить супернатант при -20°C или -80°C до момента выделения.
Опухолевая ткань, фиксированная в формалине и заключённая в парафиновые блоки (FFPE)
Для парафиновых блоков (FFPE) необходимо соблюдать следующие требования: предварительно провести их морфологический анализ. Рекомендовано использовать образцы, в которых ткань опухоли занимает не менее 80% площади препарата, допустимое минимальное количество опухоли — не менее 20% площади препарата. В случае невыполнения данного условия рекомендуется подготовить гистологический препарат биоматериала и по результатам гистологического исследования провести разметку препарата с обратной стороны предметного стекла, отметив границы зоны опухоли.
В дальнейшем для выделения ДНК необходимо использовать отмеченную область препарата, содержащую опухолевую ткань. Для проведения исследования рекомендуется использовать фрагмент парафинового блока, соответствующий следующим параметрам: толщина каждого среза от 5 до 6 мкм; суммарная площадь фрагментов фиксированной ткани и комплексов клеток человека от 2 см². Хранить и транспортировать материал в парафиновых блоках (FFPE) необходимо при температуре от +5 до +40 °C с соблюдением мер, предотвращающих контаминацию образцов чужеродной ДНК.
В дальнейшем для выделения ДНК необходимо использовать отмеченную область препарата, содержащую опухолевую ткань. Для проведения исследования рекомендуется использовать фрагмент парафинового блока, соответствующий следующим параметрам: толщина каждого среза от 5 до 6 мкм; суммарная площадь фрагментов фиксированной ткани и комплексов клеток человека от 2 см². Хранить и транспортировать материал в парафиновых блоках (FFPE) необходимо при температуре от +5 до +40 °C с соблюдением мер, предотвращающих контаминацию образцов чужеродной ДНК.
Материалы для пользователей