данный маркер доступен для исследования только в научных целях
*
TPMT1*
FOXL2*
CTNNB1*
TP53*
PTEN*
PIK3CA*
DPYD*
UGT1A1*
ERBB2*
PDGFRA
KIT
NRAS
KRAS
EGFR
BRAF
набор реагентов для одновременного выявления генетических вариантов методом высокопроизводительного секвенирования (NGS) в целевых регионах генов
Соло-тест Атлас
Совместим с Illumina
Для ранней диагностики рецидива или мониторинга прогрессирования заболевания
2
Позволяет изучить спектр мутаций в опухоли и метастазах, когда гистологический материал недоступен
1
Для чего это нужно
Показана возможность эффективной работы со свободно циркулирующейв плазме ДНК для образцов опухолей легкого (минимальная концентрация ДНК 7 нг/мкл, доля мутантного аллеля от 0,1%)
4
Возможность объединения в одном запуске секвенирования с образцами, подготовленными с помощью других наборов Соло-тест
3
Уникальное решение для исследования фармакогенетических маркеров — DPYD, UGT1A1
2
Одновременное исследование BRAF, NRAS и KIT (c-KIT) — эффективное решение для пациентов с меланомой кожи
1
Единое решение для выявления соматических вариантов
Минимальное покрытие для одного образца. При анализе соматических мутаций в одном запуске можно объединить до 96 образцов.
350х
Набор предназначен для совместного использования с Генетическим секвенатором MiSeq (Illumina, Inc) с набором реагентов MiSeq Reagent kit v2 300 cycles.
Параметры секвенирования
Секвенирование готовой библиотеки
Очистка продуктов амплификации, пулирование библиотек
Вторичная амплификация с Олигонуклеотидными индексами
Лигирование ЛС адаптеров
удаление праймеров, подготовка к лигированию
Обработка Активатором
Первичная амплификация с двумя пулами праймеров
ДНК
Принцип действия метода
Рекомендованное количество ДНК
30 нг
Картирование на целевые участки ДНК
>95%
Равномерность покрытия
>80%
Специфичность
>99%
Чувствительность
>95%
Диагностические характеристики
«Б»
48
ABCplus-48Ci- B
Соло-тест ABC плюс С-Б
Сет индексов
Количество тест-единиц
Каталожный номер
Вариант исполнения
«А»
48
ABCplus-48Ci-A
Соло-тест ABC плюс С-А
Сет индексов
Количество тест-единиц
Каталожный номер
Вариант исполнения
+
Комплекты для секвенирования
Комплекты для секвенирования включают в себя:
- Комплект для подготовки образца к секвенированию,
- Комплект для секвенирования (MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles), Illumina, Inc.)
«Б»
48
ABCplus-48i-B
Соло-тест АВС плюс Б
Сет индексов
Количество тест-единиц
Каталожный номер
Вариант исполнения
+
*
«Б»
48
ATLAS-48i-b
Соло-тест Атлас 48-б
*
«А»
48
ATLAS-48i-a
Соло-тест Атлас 48-а
«Б»
48
ATLAS-48Ci-b
Соло-тест Атлас 48С-б
«А»
48
ATLAS-48Ci-a
Соло-тест Атлас 48С-а
Комплекты для секвенирования
Комплекты для секвенирования включают в себя:
- Комплект для подготовки образца к секвенированию,
- Комплект для секвенирования (MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles), Illumina, Inc.)
Сет индексов
Количество тест-единиц
Каталожный номер
Вариант исполнения
Информация для заказа
MiSeq, MiSeq Dx — зарегистрированный товарный знак Illumina, Inc. Для проведения исследований может быть использовано необходимое оборудование, отличное от изображённого, в соответствии с регуляторными требованиями и требованиями Руководства пользователя к данному медицинскому изделию.
ПЦР-бокс
Центрифуга мини-вортекс
Дозаторы пипеточные
Флуориметр для измерения
концентрации ДНК
Термоциклер
Генетический секвенатор MiSeq
Необходимое оборудование
FAQ
Минимальное количество ДНК, необходимое для работы с набором, — 12 нг (6 мкл ДНК с концентрацией 2 нг/мкл).
Оптимальное количество ДНК для получения библиотек с помощью набора Соло-тест Атлас — 30 нг (6 мкл ДНК с концентрацией не менее 5 нг/мкл).
Оптимальное количество ДНК для получения библиотек с помощью набора Соло-тест Атлас — 30 нг (6 мкл ДНК с концентрацией не менее 5 нг/мкл).
В набор включены все реагенты для приготовления библиотек из выделенной ДНК. Дополнительно потребуются только такие общелабораторные расходники, как пластик, вода деионизованная бидистиллированная и этиловый спирт. В лаборатории должны быть: ПЦР-бокс, дозаторы пипеточные, термоциклер, магнитный штатив, вортекс, центрифуга, флуориметр с совместимыми наборами. Для проведения секвенирования необходим секвенатор MiSeq.
Набор можно использовать для анализа ДНК, выделенной из опухолевой ткани, фиксированной в формалине и заключенной в парафин (FFPE-блоки).
- Фиксированные образцы ткани должны обрабатываться нейтральным забуференным формалином. Не допускать избыточной фиксации — это может вызвать деградацию ДНК и появление артефактов последовательности!
- Для анализа соматических мутаций важно, чтобы содержание опухолевых клеток было не менее 20%.
Для анализа соматических мутаций в одном запуске можно объединить до 96 библиотек с ожидаемым покрытием не менее 350x.
Да. При заказе первого набора наши специалисты проведут обучение по работе с протоколом пробоподготовки в вашей лаборатории. Кроме того, вы всегда можете обратиться к нам с любыми вопросами по работе набора solo-test@oncoatlas.ru.
Для обработки данных можно использовать стандартное программное обеспечение (LRM), установленное на MiSeq, а для интерпретации результатов можно использовать ПО Соло-репорт (РУ 2019/8907). Свяжитесь с нами, чтобы получить помощь в биоинформатическом анализе.
Да, если комбинации индексов не дублируются.
Получить консультацию
Заполните поля и мы свяжемся с вами
Отправляя форму, вы соглашаетесь с Политикой конфиденциальности
Материалы для пользователей
Рак прямой кишки
Рекомендуется выполнять молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах KRAS, NRAS, BRAF. При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах DPYD (аналоги пиримидина) и UGT1A1 (иринотекан).
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах DPYD (аналоги пиримидина) и UGT1A1 (иринотекан).
Рак ободочной кишки и ректосигмоидного отдела
Рекомендуется выполнять молекулярно-генетическое исследование мутаций в генах KRAS, NRAS, BRAF. При отрицательных результатах ПЦР — провести секвенирование.
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах DPYD (аналоги пиримидина) и UGT1A1 (иринотекан).
Для определения токсичности к терапии с включением препаратов рассмотреть исследования в генах DPYD (аналоги пиримидина) и UGT1A1 (иринотекан).
Опухолевая ткань, фиксированная в формалине и заключённая в парафиновые блоки (FFPE)
Для парафиновых блоков (FFPE) необходимо соблюдать следующие требования: предварительно провести их морфологический анализ. Рекомендовано использовать образцы, в которых ткань опухоли занимает не менее 80% площади препарата, допустимое минимальное количество опухоли — не менее 20% площади препарата. В случае невыполнения данного условия рекомендуется подготовить гистологический препарат биоматериала и по результатам гистологического исследования провести разметку препарата с обратной стороны предметного стекла, отметив границы зоны опухоли.
В дальнейшем для выделения ДНК необходимо использовать отмеченную область препарата, содержащую опухолевую ткань. Для проведения исследования рекомендуется использовать фрагмент парафинового блока, соответствующий следующим параметрам:
В дальнейшем для выделения ДНК необходимо использовать отмеченную область препарата, содержащую опухолевую ткань. Для проведения исследования рекомендуется использовать фрагмент парафинового блока, соответствующий следующим параметрам:
- толщина каждого среза от 5 до 6 мкм;
- суммарная площадь фрагментов фиксированной ткани и комплексов клеток человека от 2 см².